Le site de Puerto Chacabuco a été officiellement reconnu en 1870, au cours du voyage de la corvette Chacabuco du capitaine chilien Enrique Simpson. Toute la région était encore tellement sauvage que personne ne s’y était aventuré. Tapi au fond du fjord d’Aysén, un des plus profonds de la côte chilienne, le petit port devient ensuite le seul accès pour les ouvriers agricoles des îles pauvres, comme Chiloé, pour aller travailler dans les grandes exploitations au-delà de la cordillère. La côte et tout l’arrière-pays n’ont été que tardivement colonisés en raison de l’absence totale de route, l’éloignement des centres urbains, et le relief difficile. Aujourd’hui encore c’est la région la moins peuplée du pays. Sur l’estuaire du rio Aysén, Puerto Chacabuco est l’unique débouché pour les productions de la région : le bois, la laine, la viande, le poisson… C’est aussi le point de départ des excursions dans les îles ou dans les parcs nationaux voisins.